Log file của cPanel được lưu tại thư mục /usr/local/cpanel/logs/, gồm có các file chính sau:
access_log: log truy cập của cPanel và WHM.
error_log: log các lỗi của cPanel và WHM.
login_log: log các đăng nhập cPanel và WHM.
Ngoài ra, cPanel còn lưu log hệ thống tại thư mục /var/log/, gồm có
bandwidth: log lưu lượng băng thông sử dụng của server.
chkservd.log: log hệ thống theo dõi các dịch vụ trên server.
clamav: log của hệ thống quét virus clamav.
cpupdate: log tác vụ nâng cấp của cPanel.
exim_mainlog: log gửi/nhận thư của hệ thống mail exim.
exim_rejectlog: log các kết nối bị từ chối của exim.
exim_paniclog: log các lỗi của exim.
maillog: log các đăng nhập và kết nối gửi/nhận thư của các dịch vụ mail (pop3/imap).
xferlog: log các kết nối qua FTP.
Ngoài ra, log của các tài khoản được lưu trữ trong thư mục /usr/local/cpanel/domlogs/ và log của Apache được lưu tại /usr/local/apache/logs/.